本書，嚴格而言，是一部既建構了唯識思想體系之基礎知識，又呈現了作者在唯識學方面之個人研究心得的專論。作者常在論唯識義時，回顧根本法義，並帶領著讀者，檢視瑜伽行派之論師與禪師們在思考上的長處與盲點。庶幾讀者能熟悉：「緣起」正見面對任何思想的檢驗方式與操作手法。所以本書不以文獻資料之齊備為特色，而以其邏輯辯證性見長。

記得初學唯識時，只是為了想要了解人的心理構造、情緒分析及煩惱的來源，並希望能對個人在修行上有所幫助，所以一開始以為先從唯識的百法讀起，把名相弄清、背熟，就能進入唯識之門，可能是因為個人的掌握力不足又抓不到要領，在研讀百法總是覺得像是陷入迷陣之中一樣，好像隨處都看到路，但是都找不到出路。

自從聽了昭慧法師一系列的唯學課程後，開始真正對唯識產生了興趣，尤其看了法師著作的《初期唯識思想》，才知道原來唯識思想是個有機體，它在不斷的發展、演變中因各種因緣湊合而產生了唯識思想主流，它並不是無緣無故冒出來的。

《初期唯識思想》－「瑜伽行派形成之脈絡」共有玖個章節，前三章是緒論、研究方法論及參考資料。法師研讀唯識是在印順導師的指引教導之下，直接從唯識學的重要經論下手研讀，而法師為了讓讀者也能按圖索驥來閱讀，及對唯識的重要理學與思想脈絡有所了解，所以，以簡要精闢的方式概述當時的重要典籍，介紹了唯識學派工具書《大乘廣五蘊論》、《大乘阿毘達磨雜集論》，及基礎六經《解深密經》、《華嚴經》、《大乘阿毗達磨經》、《如來出現功德莊嚴經》、《楞伽經》、《大乘密嚴經》，其重要論典是《瑜伽師地論》、《攝大乘論》、《唯識二十論》、《唯識三十論》、《成唯識論》及其翻譯，與印順導師有關唯識學的相關著作等。並從學派的興起與發展過程，讓我們能從中得知唯識學派在部派、中觀、真常思的相互激盪中，在維持「虛妄唯識」主體思想的前提下，對此諸學派思想顯然是有所簡擇與融貫的。而法師在作唯識研究時，除了從歷史眼光去考證研究外，更重要的是依據佛法的三法印：諸行無常、諸法無我、涅槃寂靜的準則來作檢驗研究的成果。

從第四章至第八章是談及唯識學的發展過程及禪觀要領的修持。唯識學它跟佛法的根本源頭與根本精神有密切關係，它承襲了根本佛法《阿含》教說的緣起義，發展出唯識「三自性」中的「依他起」義，其後才進一步發展出與阿賴耶識聯結的定義：「從自熏習種子所生，依他緣起故名依他起」。

因之唯識學將整個緣起的結構，納入「心識」範疇來說明，從十二緣起來探討與心識的關係。在十二因緣並沒有講到阿賴耶識，是從來的部派一直到大乘的唯識學就這「識緣名色」，「名色緣識」，認為這兩個識似乎不是原始佛教的六識論所能完整說明的，該應有一個比六識更深細的識，對內它是執持根身，對外它是整個六識的總控者，它可以說是生命的總中樞，於是發展出具有結生相續功能的「根本識」。

在唯識學的術語把「業感緣起」稱之為「阿賴耶識的緣起」；而「共業所感」是由阿賴耶識的共變。從以心為主導性的思考脈絡，來探討心識與一切法、正報與依報之間的關係與影響，主要也是希望行者能從中體會生命流轉與還滅的真象，以弁定慧的禪觀修持來斷除惑業的生死輪迴，而證得生命解脫自在的境地。所以要轉染成淨；轉凡入聖都是由心識的主導力量來轉化的。

書中也談到大多數人都有相同的迷思，佛法說「諸行無常、諸法無我」，既然是無我，那麼是誰在生死輪迴？誰在證聖解脫？既然無常，那麼業果如何相續？記憶的任持功能在哪裡？在心法，還是在色法？在身內，還是在身外？在三世，還是在當前？