《六祖壇經》用了兩種般若系統的經典，一是《金剛般若經》，二是《文殊說般若經》。經中引用並提到《金剛經》的句子和內容的，有如下幾處：

〈行由品〉：「惠能一聞經云：應無所住而生其心。心即開悟，遂問客誦何經？客曰：《金剛經》。」

同品又說：「經云：凡所有相，皆是虛妄。」

同品又有：「祖以袈裟遮圍不令人見，為說《金剛經》，至應無所住而生其心，惠能言下大悟。」

〈般若品〉全品都談摩訶般若波羅蜜的意義，同時強調「持誦《金剛般若經》，即得見性。」又說：「聞說《金剛經》，心開悟解」，而稱此法門為「般若三昧」。

〈定慧品〉引《文殊說般若經》所提倡的「一行三昧」來說明《淨名經》〈即《維摩經》〉的「直心是道場，直心是淨土」這兩句話。

現在我們要討論它所引的般若系統經典的思想及其目的。首先我們必須注意《金剛經》所說的「應無所住而生其心」這句話對於《六祖壇經》思想的重要性，和惠能之所以能夠成為中國禪宗史上最偉大的禪師的原因。這句話雖然是《金剛般若經》的精義所在，但不一定是最重要的經句。《金剛經》的通常論法是：「無法相，亦無非法相」，「不應取法，不應取非法」，「非法非非法」。這是排除執著，不執空也不執有；執有固然是有，執空還是落於「有」的一邊，「空」、「有」是相對的。可是就六祖最受用的那句話而言，雖然叫它「無住」，但還是要有「心」。這個心在現象上是智慧心，無住是不住於煩惱心，雖不住於煩惱心，但仍然有智慧心。因為求見清淨的佛性需要智慧，面對眾生的救濟也需要智慧，所以是「有」而不是「空」。若將這句話連著《金剛經》的前文來看，是說生了清淨心的菩薩，莊嚴了佛的國土，等於沒有莊嚴佛的國土，那才叫莊嚴了佛的國土；也就是行一切善等於沒有行一切善，那才叫行一切善。的確，這種清淨心就是無執著的智慧心，六祖惠能聽了這句經文就開悟，也就是跟智慧心相應。不過《金剛經》沒有說到開悟之後悟的是佛性，開悟本身就是目的，這跟六祖所體會的有所出入。

至於《金剛經》說：「凡所有相，皆是虛妄」，將這兩句的前後經文連起來看，是說不要把如來的身相當成真實的如來，因為如來不可以用他的身相來衡量和範圍，也可以說如來是遍於一切相而不等於任何一相，不能認定任何一相就是佛；對所有一切相都不執著才能真正見到如來。所以其下還有兩句經文：「若見諸相非相，即見如來。」可是從《六祖壇經》的觀點來看，「相」是虛妄的，而心性是實在的，所以《六祖壇經》說：「識自本心，見自本性」，「本不生滅」，這種不生又不滅的本心和本性，在《金剛經》中是看不到的，也就是說，相無性有，這與《楞伽經》的思想有些相同。

在《六祖壇經》中沒有舉出《文殊說般若經》的名字，但其所舉「一行三昧」是出於《文殊說般若經》，而且在第四祖道信的「入道安心要方便法門」，早已引用過此經的「一行三昧」之修行方法，目的是在以該經的「念佛心是佛」說明《楞伽經》的「諸佛心第一」。《文殊說般若經》提到，在沒有進入一行三昧之前，「應處空閑，捨諸亂意，不取相貌，繫心一佛，專稱名字」。進入一行三昧之後，便是「法界一相，繫緣法界，是名一行三昧。如法界緣，不退不壞，不思議，無礙無相」。可見《六祖壇經》引用一行三昧的目的，不在於般若的思想，而是在於修行的目的；著重的是一行三昧的本身，不是進入三昧的方法。所以《六祖壇經》說：「於一切處行住坐臥，常行一直心」，《文殊說般若經》中並未作如是說，那是《維摩經》的境界，也可以說，法界一相，無礙無相；因為無礙，所以行住坐臥的日常生活，都在三昧之中。這到後來的《無門關》便說出：「那伽〈以龍喻佛〉常在定，無有不定時」的思想，實際上也是智慧的功用。

至於「般若三昧」之名，未見於任何其他經典，而《六祖壇經》說修行般若行、持誦《金剛般若經》，就能入甚深法界及般若三昧。所謂般若行，是指離一切境而無生滅，能夠「來去自由，心體無滯」，它就是「無住無往亦無來」的大智慧，以此智慧觀照一切法而能夠「無念無憶無著」，這就是見性成佛的般若三昧。

在《六祖壇經》中也特別強調摩訶般若波羅蜜，並且要大眾以清淨心來念這句話，能得智慧；念時不僅是用口念，而且要心口相應，可見這是修行的方法。他把「摩訶」解釋為廣大的心量，如虛空無有邊，沒有一法可得，因為自性真空。可是《六祖壇經》又提醒我們，不要認為是空就以空心靜坐而成無記空；也就是說，既對一切法不可執著，也不可讓心中成為一片空洞。這還是從修行的方法來肯定「應無所住而生其心」的觀點，同時也否定了一般所說的「沈空滯寂」就是悟境的觀念。禪宗的悟是指在活活潑潑的生活中，不受任何境界所動搖的心。